2.1.組織の登録
「管理者タブ」＞「組織名マスタ登録」をクリックして画面を開きます。コード、名称をフラットに入力します。「組織区分」により階層がわかれますので適宜指定してください。画面左上の「決算期」ごとにデータがわかれますのでご注意ください。※入力欄が赤くなっている項目は必須です。コードは任意に指定できます。（推奨：地区：３桁、部：２桁、課：４桁）
2.2.組織構成の登録
「管理者タブ」＞「組織構成マスタ登録」をクリックして画面を開きます。決算期・組織図Noを選択して上位組織から順番に定義していきます。・上位組織コードがブランクが最上位・上位組織コードを指定するとその配下が登録可能入力欄の各組織コードは組織名マスタに登録された組織から選択します。※システムを稼働させる為に以下の組み合わせは最低限用意する必要があります。本社（地区）→本部（部）→営業一課（課）（参考）以下のようなものでもいいかもです。本社（地区）→東京（部）：エリア→新宿（課）：主に在籍している場所
2.3.社員の登録
「管理者タブ」＞「社員マスタ登録」をクリックして画面を開きます。入力欄が赤くなっている項目は必須です。コードは任意に指定できます。（推奨３〜４桁）※略名は各入力画面、帳票に利用されるため長すぎずわかりやすい名称を指定してください。※メールアドレスをキーとしてSynqueryのアカウントを検索し、既に登録済みの場合はそのアカウントのログインIDとパスワードを引き継ぐことができます。※EB使用区分エリア給与・報酬の支払において銀行振込データ（EBデータ）を利用する場合は指定をしておくと「支払EBデータ作成処理画面」にてEBデータを生成することが可能になります。詳しくはお問い合わせください。
2.4.社員配属の登録
「管理者タブ」＞「社員配属マスタ登録」をクリックして画面を開きます。「決算期」を選択してその期の配属を指定します。入力欄が赤くなっている項目は必須です。※社員コードは、社員マスタから、課コードは、組織名マスタから参照して選択します。ただし、課コードは、組織構成マスタで構成さていないと選べませんので注意が必要です。
会社には、組織（地区や部、課）と社員がいます。本システムを利用するにあたって、以下のマスタの登録が必要になります。（１）組織名マスタ組織コード、組織名、略名、住所を登録します。組織名マスタの「地区」データの住所は英字用の帳票の送信元（発信元）として納品書、発注書に利用されます。組織名マスタの「部」データの住所は日本語用の帳票の送信元（発信元）として納品書、発注書に利用されます。（２）組織構成マスタ上記の組織名マスタに登録した組織を編成するマスタです。本社＞地区＞部＞課のような階層構造を登録します。組織図Noにて、その構成名を指定し複数の構成を作成できます。営業組織用の「CHIKU」、会計の集計組織用の「KAIKEI」など任意の構成を登録できます。ただし、「CHIKU」の設定は必須になります。また、会計モジュールを利用する場合は、「KAIKEI」の設定も必要になります。（３）社員マスタ会社に属するもしくは関係のあるシステムの利用者を登録します。すでにSynqueryのアカウントを所持している場合は、そのログインID、パスワードを維持するかの確認ダイアログが表示されます。（維持推奨）（４）社員配属マスタ
組織のイメージ社員マスタではその社員がどの組織に在籍しているかを登録しません。かわりに本画面にて社員を配属します。各入力画面で必須となっている地区や部、課が特定できないため配属は必須になります。